Alig 3 héttel az Aperture 3 megjelenése után az Apple kiadta a 3.0.1 frissítést, ami több a programban maradt hiba javítását hivatott javítani. A hivatalos változat szerint a stabilitást is javítja, de ezt kipróbálnom nem sikerült, mivel a próbaverzióra nem hajlandó települni, azt reklamálja, hogy nem talál Aperture 3-as verziót. Akinek már van hivatalos Aperture 3 upgrade vagy dobozos verziója, az az Apple support oldaláról töltheti le a frissítést.